RAD-seq:簡化基因體,從建庫到分析
限制酶點位核酸定序服務(RAD-seq,Restriction-site Associated DNA Sequencing),以限制酶簡化基因體資訊,提升有效數據比例,可同時處理大量族群樣本,降低研究負擔。RAD-seq 可應用於無參考序列之目標物種的族群遺傳變異、定義個體間遺傳差異、族群親緣地理關係追溯等生物演化研究;同時適用於單核苷酸多態性(SNP,Single Nucleotide Polymorphism)分子標誌建立,可有效應用於農林漁牧等相關產業。
RAD-seq 技術核心
- RAD-seq 是結合了限制酶處理和高通量定序優勢的簡化基因體學技術,用於檢測與分析基因體間的遺傳變異。
- 以限制酶切位和片段長度為篩選條件,使 RAD-seq 無需對整個基因體進行定序,降低定序深度需求,同時提高樣品間相似片段的有效序列定序比例。
- RAD-seq 具有多樣品混合定序的特性,使用 DNA 標籤技術(DNA barcoding),可同時研究大量樣本,快速處理個體/族群間的基因體變異,獲得 SNPs 資訊。
- 技術廣泛應用於研究自然種群中的遺傳多樣性、物種分化、突變和進化,以及全基因關聯分析(GWAS)和數量性狀基因座定位(QTL mapping)等研究領域。
RAD-seq 建庫介紹
- Digestion & Ligation:
- 利用限制酶將 DNA 切割為較小的片段,針對其切位將 DNA 片段標記上特定標籤序列,每個樣本都有唯一的標記序列,用以區分來自不同樣本的片段。
- Pooling:
- 將來自不同樣本的 DNA 片段混合在一起,形成 DNA 樣品庫。
- Size Selection:
- 經由 Size Selection 保留適合上機定序的片段長度,同時去除過短的片段。
- PCR:
- 使用 PCR 反應增殖 DNA 片段,同時完成 DNA 樣品庫的製備,準備進行 NovaSeq 高通量定序。
- Sequencing:
- 完成定序後,對序列進行比對、組裝和分析,獲取樣本中基因體變異的資訊,得到 SNPs 資訊。
標準服務
您只需要提供DNA樣品,即可享有樣品建庫、定序,以及生物資訊組裝服務。組裝後的數據可直接供後續各項分析使用,免除研究人員實驗前置作業、數據組裝與處理格式問題所耗時間及設備成本。
進階/客製化分析服務
艾達特提供 RAD-seq 組裝後的衍生分析,可輸出符合指定期刊格式之科學圖表。依照需求客製化製圖,強調分析成果亮點,並提供兩次修改與重分析服務,確保分析內容符合研究探討主軸,可提供親緣關係樹分析(Phylogenetic Tree)、族群遺傳結構分析(Population genetic structure)、主成分分析(PCA/DAPC)等,除上列進階分析項目,我們也提供客製化分析服務,可依照您提供的參考文獻進行分析評估,如基因隔離地圖(Dispersal map of resistance)、遺傳分化係數分析(Fixation index analysis)、全基因組關聯分析(GWAS)或數量性狀基因座定位(QTL mapping)等。
技術諮詢/樣品測試服務
在您決定使用艾達特的服務之前,您可以聯繫我們,讓我們為您進行 RAD-seq 的基礎介紹以及研究、應用方向的討論,確保艾達特提供的服務能契合您的期望,同時提供給您樣品測試的服務,透過少量的樣品進行酵素適用性測試,確認您的目標樣品所適合的製備方式。